बाबा अमरनाथ मंदिर से जुड़े मिथक और किंवदंतियां बहुत प्रचलित हैं। कहा जाता है कि जैसे कर्म ही फल है, इसका अर्थ है कि जिस प्रकार आस्था की पूजा की जाती है, ईश्वर वैसा ही फल देता है। अमरनाथ के बारे में भी यही कहा जाता है। अमरनाथ को भगवान भोलेनाथ की पवित्र नगरी माना जाता है। और जब भी भक्त सच्चे मन से भगवान शिव की पूजा करते हैं, भगवान शिव उन्हें दर्शन की आवश्यकता देते हैं।
अमरनाथ धाम को लेकर कई कहानियां हैं, खासकर अमर कबूतर की मुख्य कथा। फिर मुस्लिम चरवाहे की कहानी है। हालांकि कई लोग इस कहानी के खिलाफ हैं, लेकिन यह मिथक बहुत प्रचलित है। कहानी यह है कि एक ऋषि ने बूटा मलिक नाम के एक मुस्लिम व्यक्ति को कोयले का एक थैला दिया। मालिक जब घर पहुंचा तो देखा कि कोयले की बोरी में सोना गायब था।
यह देखकर वे इतने प्रसन्न हुए कि ऋषि को धन्यवाद देने चले गए। और वहाँ उसने एक चमत्कार देखा। वहाँ एक गुफा को देखकर उसे अपनी ही आँखों पर विश्वास हो गया। तब से यह गुफा अमरनाथ गुफा धाम से लोकप्रिय है।
एक अन्य कथा के अनुसार एक बार भगवान शिव ने माता पार्वती को अमरता की कथा सुनाई थी। जब भगवान शिव और माता पार्वती कथा सुन रहे थे, तब माता पार्वती सो गईं।
लेकिन यह कहानी एक कबूतर के जोड़े ने सुनी और वे अमर हो गए। पौराणिक कथाओं के अनुसार अमरनाथ यात्रा के लिए इस गुफा में आने वाले किसी भी भक्त को इस कबूतर को किसी दिव्य कृपा से कम नहीं देखना चाहिए।